歴史は連綿と続いている。
46億年もの昔。
岩の溶解する灼熱の惑星から水のあふれる青い惑星へ、生命体を乗せぬシステムとしての星の成長。地球誕生の時代。
地獄の大気の中で生まれた単純な生命の種が多細胞生物へと発展し、多様な生命体へと変貌した。多くの生命体が生まれ、そして滅びていった。内外の要因によって変移する遺伝子。くり返される誕生と淘汰。
自己を認識し、他者を思い、過去と未来に想いを馳せる人類の誕生。文明の芽吹き。輝ける思想。砕かれた理想。血塗られた歴史。
ゾハルは、人類の歴史が花ひらく以前から、そこに存在していた。
前作のラストで危機を脱出し、第二ミルチアへと到着した貨客船エルザ。シオンは命令どおりKOS-MOS引渡しのためJr.たち一行と別れてアレンとヴェクター二局を目指す。
二局でシオンはKOS-MOSの第3種兵装のデータを見せられる。
戦闘兵器であるはずのKOS-MOSだが、シオンは KOS-MOSに対して妹のような感情を抱いていた。 シオンは、KOS-MOSを引き渡すことに 拒絶の意思を示してしまう。
ゼノサーガ エピソードII [善悪の彼岸]のエンディングから一年後。
主人公、シオン・ウヅキは自分の所属する組織、ヴェクター・インダストリーがグノーシス現象の原因に深くかかわっている事に気づいてしまう。そこでヴェクターを退社した彼女は反U.M.N.を謳う地下組織“スキエンティア”と手を組みヴェクターの企みを明るみにしようと独自に活動を始めるが、そんな時KOS-MOS開発計画の中止が決定したという話を耳にする。さらには開発が中止されるKOS-MOSの代わりとして謎のアンドロイド、T-elos（テロス）が現れる。T-elosの陰にちらつく様々な疑惑と陰謀。宇宙の――人類の未来はどこへ向かうのか。