遥か昔。恒星間を航行する巨大な移民船が、突如、システムに異常をきたした。次々と警告を告げるモニターに、一瞬だけ、ゆらめく影。抵抗する間もな く、何者かに乗っ取られていくシステム。我先に船外へと脱出する者を容赦なく撃墜したのは、船自体のレーザー砲であった。艦長は、もはや船を沈めるしかな いと決断。自爆システムを起動させる。閃光がきらめき、ゆっくりと船は星へと沈んでいった。そして、一万年後…。
辺境の村「ラハン」には、記憶をなくした若者「フェイ」が暮らしていた。村での生活が3年を数えたある日、それは彼の親友「ティモシー」達の結婚式 の前日だった。突如として村に不時着した謎の「ギア」。そのギアを追って襲来したキスレブ軍のギア部隊によって、ラハン村は炎に包まれた。逃げ惑う人々の 喧騒の中で、謎のギアがフェイに語りかける。
「さあ、愛に血を流させてやろう…地獄の海のように紅く、深く…」
引き込まれるようにフェイは、謎のギアに搭乗。しかし応戦むなしく、ティモシーはキスレブの凶弾に倒れてしまった。呆然とするフェイ。自分の無力さ への憤りがつのり、意識が遠のく。彼の怒りを吸収するように、機体を発光させるギア…。フェイが意識をなくした瞬間、発光は臨界に達し、村を白く包み込 む。そして、すべてが破壊された。意識を取り戻したフェイを待っていたのは、生き残った村人達の怒りの言葉と、得体の知れない何者かを見るような視線だっ た。追われるように、ラハン村を去るフェイ。しかし、それも一万年にわたって繰り返される悲劇の、ほんの始まりにしか過ぎなかった。
One fateful day, a starship passing through a distant star system suffers catastrophic malfunctions due to a sudden takeover of its computer systems by an unknown intelligence. Left with no other options, the captain triggers the self-destruction system in order to prevent the total takeover of the ship. As the explosions consume it, the starship breaks up and the resulting debris find its way to a planet in the system. Thus begins the story of Xenogears. Hundreds of years after this incident, we find a world engulfed in war. The prizes at stake are the technological wonders from centuries ago that give their possessor the power to overcome their neighbor in the struggle for dominance. Integral to this struggle, and an example of the technology at stake, is the discovery of giant humanoid robots through underground excavation. These metal behemoths, each as powerful as an army of men, rule the battlefield through sheer size and firepower. The true beginning of our story however, takes place away from the centers of power, and in a small village on the border of two nations at war.